07 Guide complet de la recherche mycologique

Cet article vous emmènera dans l'exploration profonde de la boîte à outils de recherche de mycologie moderne, des enquêtes de base sur le terrain aux techniques de laboratoire de pointe.Je partagerai 30 ans d'expérience pratique accumulée dans la recherche sur le terrain et les travaux de laboratoire, fournissant des conseils pratiques que vous pouvez appliquer immédiatement tout en expliquant les principes scientifiques derrière.

Sélection de la bande d'échantillonnage aléatoire et d'échantillon système

La formule d'échantillon aléatoire convient aux habitats uniformes, tandis que la règle de la bande d'échantillons convient plus aux zones avec des gradients environnementaux évidents.Dans mon étude des montagnes Cascade à Washington, j'ai installé un spécimen de 500 mètres de long le long du gradient d'altitude et mis en place un spécimen de 2 × 2 mètres tous les 50 mètres, enregistrant avec succès le modèle de communautés fongiques changeant avec altitude.

Cas pratique : Dans les forêts primitives des montagnes de la côte de l'Oregon, nous avons comparé l'efficacité de l'échantillon aléatoire et de la méthode de bandes d'échantillons systématiques.Les résultats montrent que sur un terrain complexe, combinant deux méthodes - en sélectionnant d'abord au hasard la région, puis en créant un système démographique dans la région - peut obtenir la liste des espèces la plus complète.

GPS Skills de positionnement précis :

Standardisation des enregistrements de données environnementales :

Étapes de clé pour terminer la collecte des échantillons

1. Intégrité de la base : Utilisez des outils d'excavation professionnels pour déterrer soigneusement toutes les bactéries pour vous assurer que les creux et cordons bactériens ne sont pas détruits.La base des champignons contient des caractéristiques d'identification clés, en particulier pour les espèces toxiques telles que Amanita.

2. Représentant du stade de développement : collecter des échantillons de différents niveaux de maturité - jeunes, matures et personnes âgées.Cela aide à étudier les changements de développement et est crucial pour une identification précise.

3. Accord de photographie écologique :

Recommandation d'experts : Portez toujours des gants pour faire face aux champignons inconnus.Même les non-toxines peuvent provoquer des réactions allergiques.

Standard en or pour les notes extérieures :

Comparaison de la technologie de séchage :

| Méthodes | Scénarios applicables | Avantages et inconvénients |

| ------ | ----------- | -------- |

| Sèche à l'air | Petits champignons charnus minces | Environnement à faible coût mais à faible humidité |

| Séchage en silicone | Les champignons la plus charnue | Vitesse rapide, bonne forme conforme, réutilisable |

| Déshydrateur alimentaire | Collection à grande échelle | Température contrôlable et haute efficacité |

| Boîte de séchage professionnelle | Institut de recherche | Contrôle précis de la température et de l'humidité |

Formule de préservation d'immersion liquide :

Liste de contrôle d'intégrité des informations de balise :

La technologie de l'ADN environnemental révolutionne la recherche sur la diversité fongique. En analysant les fragments d'ADN dans les filtres du sol, de l'eau ou de l'air, nous pouvons détecter des champignons difficiles à cultiver ou à observer.

Cas pratique : Dans la région géothermique du parc national de Yellowstone, nous avons utilisé la méthode EDNA pour découvrir de nouvelles lignées fongiques qui n'ont pas été détectées dans les enquêtes traditionnelles.Ces micro-organismes survivent dans des environnements extrêmes à 80 ° C, élargissant notre compréhension de la résistance à la chaleur fongique.

Processus professionnel de l'échantillonnage Edna :

1. Utilisez des outils stériles pour collecter le sol ou la litière

2. Mettez-le immédiatement dans un récipient stérile

3. Transport de la chaîne du froid vers le laboratoire (de préférence dans les 24 heures)

4. -80 ° C pour un stockage long jusqu'à l'extraction de l'ADN

Compétences nécessaires pour améliorer le taux de réussite de la séparation organisationnelle

Choisir des blocs de tissus frais et sains est essentiel.Je préfère prélever des échantillons de la jonction du capuchon et de la tige, qui est un faible taux de contamination et une forte vitalité de croissance.

Guide de sélection du milieu :

Expérience pratique du contrôle de la température : Différents champignons ont des exigences de température spécifiques.Les champignons en décomposition du bois poussent généralement le mieux à 25-28 ° C, tandis que les champignons du sol peuvent préférer 20-25 ° C. L'établissement d'une expérience de gradient de température peut déterminer les conditions de croissance optimales.

Stockage à court terme : Réfrigérer à 4 ° C, transférer tous les 3 à 6 mois

Stockage à moyen terme : recouvert d'huile minérale, stocké pendant 1 à 2 ans

Stockage à long terme : -80 ° C Genètement à température ultra-bas ou stockage d'azote liquide

Gestion de la bibliothèque des spermatozoïdes : Établissez une base de données de déformation détaillée, y compris la source, les informations d'identification, les caractéristiques de croissance et les caractéristiques métaboliques.

Procédure professionnelle pour l'utilisation du microscope :

1. Microscopie anatomique : observer la structure macroscopique et préparer l'impression de spores

2. Microscope composite : Étude détaillée des caractéristiques microscopiques

Méthode professionnelle pour la technologie Slice :

Tableau de sélection des technologies de teinture :

| Agent de teinture | Utilisation | Effet |

| -------- | ------ | ----- |

| KOH (hydroxyde de potassium) | Observation générale | Tissu transparent, contraste amélioré |

| Réactifs Melzer | Détection féculente | Les spores féculentes deviennent bleues et noires |

| Congo Red | Coloration de la paroi cellulaire | Visibilité améliorée de la paroi cellulaire |

| Coton Bleu | Observation du mycélium | Contraste bleu, facile à observer |

Évaluation de la qualité de l'échantillon :

Comparaison des méthodes d'extraction :

Inspection du contrôle de la qualité :

Stratégie de sélection primaire :

Expérience d'optimisation de la PCR :

Prévention et contrôle de la pollution :

Guide de sélection technique :

| Type de technologie | Scénarios applicables | Caractéristiques de données |

| ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

| SANGER SEQUENCING | Gene unique, Culture pure | Haute précision, lecture longue |

| Illumina ngs | Métagénome, diversité |Haut débit, lecture courte |

| Pacbio | Pleine longueur, génome | Longueur de lecture longue, taux d'erreur élevé |

| Nanopore | Séquençage de champ en temps réel | Lecture portable et durable |

Cas pratique : Nous avons utilisé le séquençage Illumina pour analyser les communautés fongiques dans les sols forestiers du Montana, et détecté plus de 10 000 taxonomies opérationnelles (OTU) en une seule fois, bien au-delà des capacités des méthodes traditionnelles.

Processus d'analyse de base :

1. Contrôle et coupe de la qualité des séquences

2. Clustering OTU ou analyse ASV

3. Attribution de la taxonomie (en utilisant une base de données Unite ou GenBank)

4. Analyse de la diversité (diversité α et β)

Analyse phylogénétique :

Spécification de soumission des données :

Sélection des solvants Science :

Technologie d'amélioration de l'efficacité d'extraction :

Solution de filtre rapide TLC :

Développement de la méthode HPLC :

Application spéciale GC :

Combinaison de technologie de spectrométrie de masse :

Processus complet du RMN :

Méthode de détermination de la bioactivité ###

Test standardisé pour l'activité antibactérienne :

Évaluation de la capacité antioxydation :

Évaluation professionnelle de la cytotoxicité :

Étude sur les activités inhibitrices de l'enzyme ::

Guide de sélection de l'indice de divergence :

Analyse de la distribution spatiale :

Conception de recherche dynamique du temps :

Détermination du taux de décomposition :

Recherche de fonction mycorhizale :

Circulation quantitative :

Solution complète d'analyse du sol :

Intégration des données météorologiques :

Analyse statistique avancée :

Stratégie d'intégration des données multi-omiques :

Méthodes de biologie du système :

Applications de séquençage unique :

Progress d'imagerie unique :

CRISPR en mycologie :

Perspectives de biologie synthétique :

1. Formation de base des compétences (6-12 mois):

2. Bâtiment de capacité intermédiaire (1-2 ans):

3. Développement professionnel avancé (3-5 ans):

Essentials de base (500 à 1000 $):

Extensions intermédiaires (2000 à 5000 $):

Advanced Professional (10 000 $ +):

Erreur d'investigation sur le terrain :

Erreur de laboratoire :

Erreur d'analyse des données :

La recherche mycologique est à un stade sans précédent de développement rapide. Des scientifiques citoyens détenant des smartphones aux laboratoires professionnels équipés du dernier équipement de séquençage, tout le monde peut contribuer à ce domaine.La clé est de maîtriser la méthodologie correcte, de maintenir la rigueur scientifique et de maintenir le lien avec la communauté mondiale de mycologie.

Étapes d'action maintenant :

1. Identifiez vos intérêts de recherche et vos ressources disponibles

2. Commencez par des méthodes de base et renforcez progressivement les compétences

3. Rejoignez des organisations professionnelles (comme l'American Fungal Society)

4. Participer à des projets scientifiques citoyens (comme l'inaturation)

5. Trouvez des mentors et des collaborateurs

N'oubliez pas que chaque spécimen soigneusement collecté et chaque point de données enregistré avec précision sont des briques et des pierres importantes pour construire le bâtiment des connaissances mycologiques.Commencez votre parcours de recherche sur les champignons - d'innombrables découvertes scientifiques attendent des yeux passionnés et des mains bien entraînées.