07 Guía completa para la investigación micológica
Este artículo lo llevará a la exploración profunda del kit de herramientas de investigación de micología moderna, desde encuestas básicas de campo hasta técnicas de laboratorio de vanguardia.Compartiré 30 años de experiencia práctica acumulada en la investigación de campo y el trabajo de laboratorio, proporcionando consejos prácticos que puede aplicar de inmediato al tiempo que explica los principios científicos detrás de él.
Selección de muestra aleatoria de muestras y muestras de sistema
La fórmula de muestra aleatoria es adecuada para hábitats uniformes, mientras que la regla de la banda de muestras es más adecuada para áreas con gradientes ambientales obvios.En mi estudio de las montañas Cascade en Washington, establecí un espécimen de 500 metros de largo a lo largo del gradiente de altitud, y establecí un espécimen de 2 × 2 metros cada 50 metros, registrando con éxito el patrón de comunidades fúngicas que cambian con altitud.
Caso práctico : En los bosques primitivos de las montañas de la costa de Oregon, comparamos la eficiencia de la muestra aleatoria y el método de bandas de muestras sistemáticas.Los resultados muestran que en un terreno complejo, que combina dos métodos, la primera selección al azar de la región y luego estableciendo un sistema demográfico dentro de la región, puede obtener la lista más completa de especies.
GPS Habilidades de posicionamiento precisas :
- Use el equipo GPS con una precisión de al menos 5 metros
- Registre el sistema de coordenadas y el plano de referencia (generalmente usando WGS84)
- Marque al menos tres puntos de referencia significativos como puntos de referencia de respaldo
- El GPS de teléfonos inteligentes solo es adecuado para investigaciones preliminares, se requiere equipo profesional para la investigación profesional
Estandarización de registros de datos ambientales :
- Altitud: registrar valores de lectura GPS y valores de corrección de mapas topográficas
- Vegetación: las plantas complementarias se registran utilizando calificación de cubierta Braun-Blanquet
- Suelo: pH de prueba en el sitio, se recolectan muestras para el análisis de laboratorio
- Clima: temperatura registrada, humedad relativa, precipitación reciente
Pasos clave para completar la colección de muestras
1. Integridad base : Use herramientas de excavación profesionales para cavar cuidadosamente todas las bacterias para garantizar que los canales y cables bacterianos no se destruyan.La base de los hongos contiene características de identificación clave, especialmente para especies tóxicas como Amanita.
2. Representante de la etapa de desarrollo : Recolecte muestras de diferentes niveles de madurez: individuos jóvenes, maduros y mayores.Esto ayuda a estudiar los cambios de desarrollo y es crucial para una identificación precisa.
3. Acuerdo de fotografía ecológica :
- Tome fotos in situ, incluido el fondo del hábitat
- Use barras de escala y tarjetas de referencia de color
- Grabar detalles de la tapa, el plieguero, el tallo y el anillo
- Disparos de primer plano de estados frescos y diferentes ángulos
Recomendación de expertos : Siempre use guantes para tratar con hongos desconocidos.Incluso las no toxinas pueden causar reacciones alérgicas.
Estándar de oro para notas al aire libre :
- Descripción del color fresco (cambie muy rápido)
- olor (dulce, picante, almidón, etc.)
- Color y variación de jugo
- Toque textura
- Insectos u otras interacciones animales
Comparación de la tecnología de secado :
| Métodos | Escenarios aplicables | Ventajas y desventajas |
| ------ | ----------- | -------- |
| Air seco | Hongos pequeños, delgados carnicenciales | Ambiente de bajo costo pero de bajo ambiente de humedad |
| Secado de silicona | La mayoría de los hongos carnosos | Velocidad rápida, buena forma conforme, reutilizable |
| Deshidrator de alimentos | Colección a gran escala | Temperatura controlable y alta eficiencia |
| Caja de secado profesional | Instituto de Investigación | Control preciso de temperatura y humedad |
Fórmula de preservación de inmersión líquida :
- Almacenamiento regular: al 70% de etanol
-Estudio morfológico: mezcla de ácido-etanol formalinacético (FAA)
- Preservación de color: fórmula especial de sulfato de cobre
Lista de verificación de integridad de la información de la etiqueta :
- Número de colección (identificación única)
- Descripción detallada de la ubicación (país, estado, ubicación específica)
- coordenadas y altitud
- Fecha de colección
- Nombre del coleccionista
- Descripción del hábitat
- Identificación preliminar
La tecnología de ADN ambiental está revolucionando la investigación de la diversidad fúngica. Al analizar los fragmentos de ADN en el suelo, el agua o los filtros de aire, podemos detectar hongos que son difíciles de cultivar u observar.
Caso práctico : En el área geotérmica del Parque Nacional de Yellowstone, utilizamos el método EDNA para descubrir nuevos linajes fúngicos que no se detectaron en las investigaciones tradicionales.Estos microorganismos sobreviven en ambientes extremos a 80 ° C, ampliando nuestra comprensión de la resistencia al calor fúngico.
Proceso profesional de muestreo de edna :
1. Use herramientas estériles para recolectar tierra o basura
2. Ponlo en un recipiente estéril inmediatamente
3. Transporte de cadena fría al laboratorio (preferiblemente dentro de las 24 horas)
4. -80 ° C durante mucho tiempo hasta la extracción de ADN
Habilidades para mejorar la tasa de éxito de la separación organizacional
Elegir bloques de tejido frescos y saludables es clave.Prefiero tomar muestras de la unión de la tapa y el tallo, que es una baja tasa de contaminación y una fuerte vitalidad del crecimiento.
Guía de selección media :
- PDA (agar de glucosa de papa): tipo universal, adecuado para la mayoría de los hongos
- MEA (agar de extracción de malta): promueve la formación de esporas y pigmentos
- Medio selectivo especial: agregue antibióticos para inhibir el crecimiento bacteriano
Experiencia práctica en el control de la temperatura : Diferentes hongos tienen requisitos de temperatura específicos.Los hongos de descomposición de madera generalmente crecen mejor a 25-28 ° C, mientras que los hongos del suelo pueden preferir 20-25 ° C. Establecer un experimento de gradiente de temperatura puede determinar las condiciones de crecimiento óptimas.
Almacenamiento a corto plazo : refrigere a 4 ° C, transfiera cada 3-6 meses
Almacenamiento a mediano plazo : Cubierto con aceite mineral, almacenado durante 1-2 años
Almacenamiento a largo plazo : -80 ° C de congelación de temperatura ultra baja o almacenamiento de nitrógeno líquido
Gestión de la biblioteca de esperma : Establezca una base de datos de tensión detallada, que incluya fuente, información de identificación, características de crecimiento y características metabólicas.
Procedimiento profesional para uso de microscopio :
1. Microscopía anatómica : Observe la estructura macroscópica y prepare la impresión de esporas
2. Microscopio compuesto : Estudio detallado de las características microscópicas
- Esporas: forma, tamaño, patrón, color
- Cuerpo Caseus: forma, tamaño, distribución
- Estructura de micelio: articulación bloqueada, separación, etc.
Método profesional para la tecnología de corte :
- Corte a mano: use una cuchilla de afeitar para el tejido blando
- Cortadora de congelación: mantener la integridad estructural
- Slices de parafina: más alta precisión, pero complicado proceso
Tabla de selección de tecnología de teñido :
| Agente de teñido | Uso | Efecto |
| -------- | ------ | ----- |
| KOH (hidróxido de potasio) | Observación general | Tejido transparente, contraste mejorado |
| Reactivos de Melzer | Detección de almidón | Las esporas con almidón se vuelven azul y negro |
| Congo Rojo | Manchas de pared celular | Visibilidad de la pared celular mejorada |
| ALIGHER AZUL | Observación del micelio | Contraste azul, fácil de observar |
Evaluación de calidad de muestra :
- Las mejores muestras frescas
- Las muestras secas necesitan verificar el grado de degradación del ADN
- Evite muestras de contaminación o descomposición obvia
Comparación del método de extracción :
- Kit comercial: rápido, consistente, adecuado para alto rendimiento
- Método CTAB: bajo costo, optimizado, adecuado para muestras difíciles
Inspección de control de calidad :
- Electroforesis en gel de agarosa para verificar la integridad del ADN
- El espectrofotómetro mide la concentración y la pureza (la relación A260/A280 es 1.8-2.0)
Estrategia de selección primaria :
- Su región: estándar de oro para la identificación de hongos
- LSU y SSU: investigación filogenética
- Combinación multigénica: mejorar la resolución
Experiencia de optimización de PCR :
- Prueba de gradiente de concentración de iones de magnesio
- Optimización de la temperatura del recocido
- Los aditivos (como BSA) mejoran la eficiencia de la amplificación
Prevención y control de la contaminación :
- Operación de partición (preparación de muestras, configuración de PCR, análisis de productos)
- El control negativo es esencial
- Tratamiento UV y limpieza del banco de trabajo
Guía de selección técnica :
| Tipo de tecnología | Escenarios aplicables | Características de datos |
| ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
| Secuenciación de sanger | Gen único, cultura pura | Alta precisión, lectura larga |
| Illumina NGS | Metagenoma, diversidad | Alto rendimiento, lectura corta |
| Pacbio | Longitud completa, Genoma | Longitud de lectura larga, alta tasa de error |
| Nanoporo | En tiempo real, secuenciación de campo |Lectura portátil y duradera |
Caso práctico : Utilizamos la secuenciación de Illumina para analizar las comunidades de hongos en el suelo forestal en Montana, y detectamos más de 10,000 taxonomías operativas (OTU) en una sola ejecución, mucho más allá de las capacidades de los métodos tradicionales.
Proceso de análisis básico :
1. Control de calidad de secuencia y recorte
2. Agrupación de OTU o análisis ASV
3. Asignación de taxonomía (usando una base de datos Unite o GenBank)
4. Análisis de diversidad (diversidad α y β)
Análisis filogenético :
- Alineación de secuencia múltiple (MAFFT o Clustalw)
- Selección de modelo (Modeltest o JModeltest)
- Construcción de árboles (método de máxima probabilidad o inferencia bayesiana)
- Evaluación de soporte de sucursal (probabilidad de arranque o posterior)
Especificación de envío de datos :
- El envío de GenBank requiere metadatos completos
- Realice los estándares de Miame y Minseqe
- Asegúrese de que la secuencia esté asociada con la muestra
Ciencia de selección de solventes :
- Extracción de gradiente polar: hexano → diclorometano → acetato de etilo → metanol → agua
- Selección orientada al compuesto objetivo:
- terpenoides: solventes no polares
- alcaloides: polaridad media
- Polisacárido: extracción de agua caliente
Tecnología de mejora de eficiencia de extracción :
- Asistencia ultrasónica: mejorar la eficiencia y acortar el tiempo
- Asistencia de microondas: extracción extremadamente rápida, pero requiere equipo profesional
- Extracción de Soxhlet: extracción completa, pero consume mucho tiempo
Solución de filtro rápido TLC :
- Junta de silicona: la mayoría de los metabolitos secundarios
- Diferente desarrollador de color: revelar diferentes categorías de compuestos
- Registro de valor de RF y comparación de productos estándar
Desarrollo de métodos HPLC :
- La columna de fase C18 invertida tiene una fuerte versatilidad
- La elución de gradiente separa las mezclas complejas
- El detector PDA proporciona espectro ultravioleta
Aplicación especial GC :
- Análisis de compuestos volátiles
- Estudio de espectro de ácidos grasos
- Expansión derivada del alcance de la aplicación
Combinación de tecnología de espectrometría de masas :
- LC-MS: separación e identificación en línea
- GC-MS: análisis de componentes volátiles
- Maldi-TOF: compuestos de alto peso molecular
Proceso completo de NMR :
- 1D NMR (1H, 13C): información estructural preliminar
- NMR 2D (Cozy, HSQC, HMBC): análisis de estructura completa
- Optimización de selección de solventes deuterado
Prueba estandarizada para la actividad antibacteriana :
- Método de difusión en papel: detección rápida
- Método de microdilución: determinación precisa del micrófono
- El control positivo (antibióticos estándar) es esencial
Evaluación de la capacidad de antioxidación :
- DPPH Radical Descargada: detección rápida
- Valor ORAC: mayor correlación biológica
- múltiples métodos combinados son más confiables
Evaluación profesional de citotoxicidad :
- Método MTT: actividad mitocondrial
- Método SRB: contenido de proteínas
- Prueba de formación de clonación: efectos a largo plazo
Estudio sobre actividades inhibidoras enzimáticas :
- Selección específica del sustrato
- Determinación de parámetros cinéticos (km, vmax)
- Cálculo del valor IC50
Guía de selección del índice de divergencia :
- Shannon-Wiener: tenga en cuenta la riqueza y la uniformidad en combinación
- Simpson: enfatizar especies dominantes
- chao1 y as: estimar el recuento de especies reales
Análisis de distribución espacial :
- Análisis de patrones de puntos
- Métodos geoestadísticos
- Medición de diversidad beta
Diseño de investigación dinámica de tiempo :
- Muestreo estacional (al menos una vez al mes)
- Cambios interanuales (al menos 3 años de datos)
- Registros fenológicos
Determinación de la tasa de descomposición :
- Estandarización del método de red de bolsas
- Comparación de diferentes sustratos
- Control de factores ambientales
Investigación de funciones micorrícicas :
- Tracer de isótopos (13c, 15n)
- Experimento de vacunación
- Visualización de la red micorrícola
Circulación cuantitativa :
- Análisis elemental (C, N, P)
- Ensayo de actividad enzimática
- Medición de flujo
Solución completa de análisis de suelos :
- Propiedades físicas: textura, cantidad de retención de agua
- Propiedades químicas: pH, nutrientes, materia orgánica
- Propiedades biológicas: biomasa microbiana, respiración
Integración de datos meteorológicos :
- Estación de grabación automática
- Suplemento de datos de detección remota
- Medición de microclima
Análisis estadístico avanzado :
- Análisis multivariado (RDA, CCA)
- Modelo de ecuación estructural
- Aplicaciones de aprendizaje automático
Estrategia de integración de datos múltiples múltiples :
- Genómica: potencial genético
- Transcriptómica: expresión génica
- Proteómica: moléculas funcionales
- Metabolómica: metabolitos
Métodos de biología del sistema :
- Análisis de red
- Enriquecimiento de pasaje
- Modelado integrado
Aplicaciones de secuenciación de una sola célula :
- Investigación sobre heterogeneidad celular
- Identificación de tipo de célula rara
- Reconstrucción de la trayectoria del desarrollo
Progreso de imagen de una sola célula :
- Microscopio de resolución ultra alta
- Imágenes dinámicas de células vivas
- Integración multimodal
CRISPR en Micología :
- Verificación de la función génica
- Ingeniería metabólica
- Investigación de bacterias patógenas
Perspectivas de biología sintética :
- Reconstrucción de la vía
- nueva producción compuesta
- Reparación del medio ambiente
1. Entrenamiento de habilidades básicas (6-12 meses):
- Participar en el taller de la sociedad de hongos
- Dominar los conceptos básicos de la microscopía
- Aprenda las regulaciones de seguridad
2. Construcción de capacidad intermedia (1-2 años):
- Conceptos básicos de tecnología molecular
- Introducción al análisis de datos
- Escritura científica
3. Desarrollo profesional avanzado (3-5 años):
- Experiencia profesional y técnica
- Investigación y diseño independientes
- Publicación académica
Essentials básicos ($ 500-1000):
- Microscopio de masa
- Equipo básico de biología molecular
- Herramientas de recolección de campo
Extensiones intermedias ($ 2000-5000):
- instrumento de PCR
- Sistema de imágenes de gel
- Equipo de extracción eficiente
Profesional avanzado ($ 10,000+):
- Sistema HPLC
- Microscopio avanzado
- Equipo de secuenciación
Error de investigación de campo :
- Error: registro de metadatos inadecuados
- Solución: use formularios y listas de verificación estandarizadas
Error de laboratorio :
- Error: control de contaminación inadecuado
- Resolver: zonificación estricta y control negativo
Error de análisis de datos :
- Error: mal uso del método estadístico
- Solución: consulte a los expertos en estadísticas y use el software correcto
La investigación micológica se encuentra en una etapa sin precedentes de desarrollo rápido. Desde científicos ciudadanos que sostienen teléfonos inteligentes hasta laboratorios profesionales equipados con los últimos equipos de secuenciación, todos pueden contribuir a este campo.La clave es dominar la metodología correcta, mantener el rigor científico y mantener la conexión con la comunidad global de micología.
Pasos de acción ahora :
1. Identifique sus intereses de investigación y recursos disponibles
2. Comience con métodos básicos y cree gradualmente habilidades
3. Únase a organizaciones profesionales (como la American Fungal Society)
4. Participe en proyectos de ciencias ciudadanas (como inaturalista)
5. Encuentre mentores y colaboradores
Recuerde que cada muestra cuidadosamente recopilada y cada punto de datos registrado con precisión son ladrillos y piedras importantes para construir el edificio de conocimiento micológico.Comience su viaje de investigación de hongos: innumerables descubrimientos científicos esperan ojos agudos y manos bien entrenadas.